灰指甲主要由皮肤癣菌等真菌感染引起，治疗方法有多种。一般来说，外用药物治疗时，5%阿莫罗芬搽剂比较常用，每周使用1 - 2次，连续使用数月可能有效果。
外用药物治疗
5%阿莫罗芬搽剂： 它能抑制真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后涂抹药液，每周1 - 2次，不过通常需要连续使用几个月才能看到明显效果。环吡酮胺乳膏： 属于广谱抗真菌药，可渗透进入甲板，抑制真菌生长。涂抹在病甲周围皮肤，每天1 - 2次，坚持使用对轻度灰指甲可能有一定疗效。
口服药物治疗
伊曲康唑： 是一种合成的三氮唑衍生物，为广谱抗真菌药。采用冲击疗法，即冲击治疗时，每次200mg，每天2次，连服1周为一个疗程，停药3周后开始第二个疗程，一般需要2 - 3个疗程，但要注意定期监测肝功能。特比萘芬： 能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，影响真菌细胞膜的合成。通常每天口服250mg，疗程一般为2 - 3个月，同样需要关注肝功能情况。
手术治疗
拔甲术： 过去曾采用拔甲的方法治疗灰指甲，但现在应用相对减少。因为拔甲痛苦较大，而且容易复发，现在更多是作为辅助治疗手段，并且术后需要配合抗真菌药物治疗。激光治疗： 利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌生存环境。不过激光治疗可能需要多次进行，而且对于较严重的灰指甲，单独激光治疗效果可能有限，往往需要结合药物等方法综合治疗。
日常护理要点
保持足部干燥： 灰指甲患者要注意保持足部清洁干燥，勤换鞋袜，尽量选择透气性好的鞋子，避免真菌在潮湿环境中大量繁殖。比如每天更换袜子，鞋子在太阳下晾晒杀菌等。避免交叉感染： 不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，防止将真菌传染给他人，同时自己身上其他部位的癣病也可能导致灰指甲复发，所以要及时治疗手足癣等。