亲子鉴定的方法主要有以下几种：
1.外貌对比：
即根据人的面型、身材高矮、耳、鼻、眼等特殊征象的相似程度，作为血型检验的辅助和参考。
此外，鉴定者需要熟悉人群正常STR位点的分型情况，预测亲权指数，并且严格按照孟德尔遗传定律进行分析。
2.滴血验亲：
古代的亲子鉴定方法，就是滴血验亲。让小孩在生父和陌生人之间滴血，如果血液能够融合，就是生父。
这种方法没有科学依据，亲子关系的血液不一定能融合，而非亲子关系的血液倒有可能融合。
3.DNA鉴定：
鉴定亲子关系目前用得最多的是DNA分型鉴定。人的血液、毛发、唾液、口腔细胞及骨头等都可以用于亲子鉴定，十分方便。
一个人有23对（46条）染色体，同一对染色体同一位置上的一对基因称为等位基因，一般一个来自父亲，一个来自母亲。如果检测到某个DNA位点的等位基因，一个与母亲相同，另一个就应与父亲相同，否则就存在疑问了。
利用DNA进行亲子鉴定，只要作十几至几十个DNA位点作检测，如果全部一样，就可以确定亲子关系，如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系，有一两个位点不同，则应考虑基因突变的可能，加做一些位点的检测进行辨别。DNA亲子鉴定，否定亲子关系的准确率几近100%，肯定亲子关系的准确率可达到99.99%。