治疗鼻窦炎的药物主要有抗生素、鼻用糖皮质激素、黏液促排剂等。一般来说，抗生素是治疗鼻窦炎细菌感染的常用药物，比如阿莫西林克拉维酸钾等，对于细菌感染引起的鼻窦炎有一定疗效。
抗生素类药物
青霉素类： 像阿莫西林，适用于敏感菌引起的鼻窦炎。但对青霉素过敏者禁用。头孢菌素类： 例如头孢克洛，对多种细菌有抗菌活性，可用于鼻窦炎治疗。不过要注意，有头孢菌素类药物过敏史者禁用。
鼻用糖皮质激素
糠酸莫米松鼻喷雾剂： 能减轻鼻黏膜炎症反应，缓解鼻塞、流涕等症状。一般成人及青少年常用，使用时要注意正确的喷鼻方法。布地奈德鼻喷雾剂： 也可减轻鼻黏膜的水肿和炎症，儿童使用时需在医生指导下谨慎应用，要关注药物的剂量和使用疗程。
黏液促排剂
桉柠蒎肠溶软胶囊： 可以促进鼻腔和鼻窦黏膜纤毛运动，帮助排出黏液。一般建议饭前半小时用凉开水送服。标准桃金娘油肠溶胶囊： 同样能调节黏液分泌，促进痰液排出，在使用时要注意水温等对药物的影响，儿童用药需遵医嘱调整剂量。
减充血剂
盐酸赛洛唑啉鼻用喷雾剂： 能减轻鼻充血，缓解鼻塞症状，但连续使用一般不宜超过7天，长期使用可能会引起药物性鼻炎等不良反应。羟甲唑啉鼻喷雾剂： 也可用于缓解鼻塞，但同样有使用疗程的限制，儿童使用要格外谨慎，需在医生指导下根据年龄等因素调整使用方法。