包皮炎的治疗药物需根据病因选择，一般细菌感染引起的包皮炎可选用抗生素类药物，如莫匹罗星软膏等，通常用药后数天可能有改善。
细菌感染性包皮炎用药
莫匹罗星软膏： 属于外用抗生素，能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用，可用于革兰阳性球菌引起的包皮感染。一般局部涂抹，每天3次左右。夫西地酸乳膏： 对引起包皮感染的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性，局部外用，每日2-3次。
真菌感染性包皮炎用药
克霉唑乳膏： 主要通过抑制真菌细胞膜的合成，以及影响其代谢过程来发挥抗真菌作用，适用于念珠菌等真菌感染引起的包皮炎，外用，早晚各一次。酮康唑乳膏： 能抑制真菌麦角固醇的生物合成，对多种真菌有抑制作用，外用，每天1-2次。
非感染性包皮炎用药
糖皮质激素类药膏（短期使用）： 像氢化可的松乳膏，对于因局部刺激等非感染因素引起的包皮炎，可起到抗炎、抗过敏的作用，但要注意不能长期使用，一般使用不超过1-2周。比如因局部摩擦等导致的包皮炎症，短期使用能快速缓解症状。不过此类药物使用需谨慎，应在医生指导下根据具体病情使用。