囟门凹陷可能由以下原因引起：
1.腹泻或呕吐导致体内水分流失：如果宝宝腹泻或呕吐较为严重，可能会导致体内水分大量流失，引起囟门凹陷。
2.营养不良：宝宝长期营养不良，可能会导致身体虚弱，囟门也会因此凹陷。
3.感染：宝宝身体受到感染，如脑膜炎、肺炎等，也可能会出现囟门凹陷的情况。
4.脱水：宝宝身体严重缺水，也会导致囟门凹陷。
5.其他：宝宝颅骨发育不良、先天性甲状腺功能减退等，也可能会引起囟门凹陷。
如果宝宝出现囟门凹陷的情况，建议及时就医，医生一般会通过检查宝宝的身体状况、囟门情况、微量元素等，来明确具体原因，并采取相应的治疗措施。