自然流产的原因有多种，据统计，约50% - 60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。
一、胚胎因素
染色体异常： 无论是数目异常还是结构异常，都可能导致胚胎发育异常从而引发自然流产。比如常见的三体综合征，如13 - 三体、18 - 三体、21 - 三体等，染色体的数目或结构发生改变，使得胚胎无法正常发育。基因异常： 某些特定基因的突变也可能影响胚胎的正常生长和发育，进而增加自然流产的风险。
二、母体因素
（一）全身性疾病
感染因素： 孕妇在孕期如果感染了风疹病毒、巨细胞病毒、单纯疱疹病毒等病原体，可能会通过胎盘影响胚胎，导致自然流产。例如，孕妇感染风疹病毒后，胎儿发生先天性畸形、流产的概率会明显增加。内分泌异常： 甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不佳等内分泌问题都可能引发自然流产。甲状腺功能减退时，甲状腺激素分泌不足，会影响胚胎的生长发育；糖尿病患者血糖长期处于较高水平，会改变宫内环境，不利于胚胎着床和发育。
（二）生殖器官异常
子宫畸形： 如子宫纵隔、单角子宫等子宫畸形情况，会影响子宫腔的形态和容积，使得胚胎着床和发育的空间受限，容易发生自然流产。宫腔粘连： 宫腔粘连会导致宫腔有效面积减小，影响胚胎的种植和发育，增加自然流产的可能性。
三、父亲因素
精子染色体异常： 男性精子的染色体如果出现异常，如染色体数目异常或结构异常，那么受精卵结合后，胚胎也可能因为染色体问题而发生自然流产。
四、环境因素
化学物质接触： 孕妇接触过多的铅、汞、苯、甲醛等化学物质，可能会对胚胎产生毒性作用，干扰胚胎的正常发育，从而引发自然流产。放射性物质接触： 长时间处于高辐射环境中，如接触X射线等放射性物质，会损伤胚胎的细胞，影响胚胎发育，导致自然流产。