自然流产的原因有多种，约50% - 60%的早期自然流产与胚胎染色体异常有关。
染色体异常因素
胚胎染色体异常： 夫妻任何一方染色体异常都可能遗传给胚胎，导致胚胎染色体数目或结构异常，从而引发自然流产。这种情况是早期自然流产最常见的原因之一。父母年龄影响： 女性年龄越大，卵子质量越差，染色体异常的概率越高；男性年龄过大，精子质量也会下降，增加胚胎染色体异常风险。比如35岁以上的孕妇，自然流产中染色体异常的比例相对较高。
母体因素
内分泌失调： 黄体功能不全是常见原因之一，黄体分泌的孕酮不足，无法维持子宫内膜蜕膜化，影响胚胎着床和发育，约占自然流产原因的10% - 20%。甲状腺功能异常也会有影响，甲状腺功能减退或亢进都可能干扰胚胎的正常发育，导致流产。子宫异常： 子宫畸形，如单角子宫、双角子宫等，会使子宫腔形态异常，影响胚胎着床和生长空间。子宫肌瘤，尤其是黏膜下子宫肌瘤，会改变宫腔内环境，阻碍胚胎发育，较大的肌壁间肌瘤也可能影响子宫血供，增加流产风险。
免疫因素
自身免疫异常： 母体存在抗磷脂抗体综合征等自身免疫性疾病时，体内的自身抗体可能攻击胎盘，影响胎盘的血液供应和正常功能，导致胚胎缺血缺氧而流产。同种免疫异常： 母体对胚胎免疫耐受不足，免疫系统将胚胎视为外来物进行攻击，也会引发自然流产。例如夫妻血型不合等情况，可能导致免疫排斥反应。
环境因素
化学物质接触： 长期接触铅、汞、苯等有毒化学物质，或者接触甲醛、农药等，会增加自然流产的发生几率。这些化学物质可能影响胚胎的正常发育过程。辐射影响： 孕妇接触过多的放射性物质，如长期从事放射工作而没有做好防护，或者接受过量的医疗辐射检查等，辐射会破坏胚胎的细胞结构和遗传物质，引发自然流产。