早上起床口臭的原因包括口腔疾病、口腔清洁不彻底、消化系统疾病、呼吸系统疾病、代谢异常等。具体如下：
一、口腔疾病
1.龋齿：牙齿出现龋坏会形成龋洞，食物残渣和细菌容易在龋洞内积聚，导致口腔内细菌增多，产生异味而出现口臭。对于龋齿患者，应及时进行充填治疗。
2.牙周炎：牙周组织的炎症会使牙龈出血、肿胀，细菌大量繁殖，其代谢产物可产生口臭。可对牙周炎患者进行刮治等治疗。
3.牙龈炎：牙龈发炎会导致牙龈红肿、出血，口腔细菌增多，引发口臭。通常需对牙龈炎患者进行洁治。
4.牙周脓肿：牙周组织化脓形成脓肿，会有异味产生。对此类患者要进行切开排脓以及完善根管治疗等。
二、口腔清洁不彻底
1.未正确刷牙：如果没有使用正确的刷牙方法，不能有效清洁口腔，会使细菌增生，食物残渣残留，从而产生口臭。
2.无清理舌苔习惯：舌苔增厚，上面的食物残渣和脱落细胞经细菌降解会散发异味。日常应注意使用正确方法刷牙，并养成刮舌苔的习惯，必要时可咨询专业医生。
三、消化系统疾病
1.反流性食管炎：反流的胃酸刺激黏膜发炎，产生异味。幽门螺杆菌可产生硫化氢导致口臭。需及时前往医院消化内科或胃肠外科就诊，完善相关检查并进行治疗。
四、呼吸系统疾病
1.慢性或化脓性扁桃体炎：大量细菌、食物残渣潴留可腐败、发酵产生异味。
2.鼻内异物、鼻炎、鼻窦炎、慢性咽炎等：以及下呼吸道的肺部感染、慢性气管炎、肿瘤等的分泌物均可造成晨起口臭。患者应及时就医，积极治疗原发疾病。
五、代谢异常
1.糖尿病：患者体内酮体堆积可呼出烂苹果味，胰岛素抵抗可使甘油三酯、游离脂肪酸和酮体增高产生异味。
2.肾衰竭：可引起二甲胺、三甲胺升高产生鱼腥味。
3.肝硬化和肝功能不良：可产生二甲基硫化物，进入血流而被呼出产生臭味。患者要及时就医，积极治疗原发病。
总之，早上起床口臭的原因多样，当自觉口臭时，应及时前往正规医院就诊，明确原因并进行针对性治疗。