结膜炎的类型多样，所用眼药水也不同。一般细菌性结膜炎可选用抗生素类眼药水，如氧氟沙星滴眼液，它能有效抑制细菌生长，通常用药后几天内症状会有所改善；而病毒性结膜炎可使用抗病毒眼药水，像阿昔洛韦滴眼液，一般需要连续使用数天来控制病毒感染。
细菌性结膜炎适用眼药水
抗生素类眼药水： 常见的有氧氟沙星滴眼液，它通过阻碍细菌DNA合成来发挥杀菌作用，能快速缓解细菌性结膜炎引起的红肿、疼痛等症状，一般用药后1 - 2天能感觉到眼部不适减轻。磺胺醋酰钠滴眼液： 对多种病原菌有抑制作用，可用于治疗敏感菌引起的细菌性结膜炎，使用时要注意如果眼部有比较严重的刺激症状，需先咨询医生。
病毒性结膜炎适用眼药水
抗病毒类眼药水： 阿昔洛韦滴眼液是常用药，它能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒复制。一般需要规律用药，每天使用数次，连续使用3 - 7天左右症状会逐渐缓解。更昔洛韦眼用凝胶： 对于病毒性结膜炎也有较好疗效，使用时要注意避免管口接触眼部，防止污染药物，儿童使用时需在成人监护下进行。
过敏性结膜炎适用眼药水
抗组胺类眼药水： 富马酸依美斯汀滴眼液可快速缓解过敏性结膜炎引起的眼痒、红肿等症状，用药后15分钟左右可能就能感觉到眼痒减轻，不过过敏体质者使用时要留意是否有过敏反应。肥大细胞稳定剂： 色甘酸钠滴眼液能稳定肥大细胞膜，阻止肥大细胞脱颗粒释放过敏介质，在过敏季节前预防性使用效果较好，儿童使用时要控制用量。
衣原体性结膜炎适用眼药水
磺胺类眼药水： 磺胺醋酰钠滴眼液对衣原体也有一定抑制作用，可用于衣原体性结膜炎的治疗，使用过程中要按照疗程用药，一般需要连续使用几周时间。四环素类眼药水： 比如四环素醋酸可的松滴眼液，除了抑制衣原体，还能减轻炎症反应，但要注意长期使用可能会有一些副作用，需遵医嘱使用。