结膜炎的类型多样，所用眼药水也不同。一般来说，细菌性结膜炎常用抗生素类眼药水，如左氧氟沙星滴眼液，它能抑制细菌生长繁殖来消炎，通常用药后数天内症状会有改善；病毒性结膜炎可选用抗病毒眼药水，像阿昔洛韦滴眼液，能对抗病毒，帮助减轻眼部不适，一般需使用1 - 2周左右；过敏性结膜炎则多用抗过敏眼药水，例如色甘酸钠滴眼液，可稳定肥大细胞，减少过敏介质释放，缓解眼痒等症状，使用时长因个体差异而异。
细菌性结膜炎常用眼药水
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥抗菌作用。它对多种引起细菌性结膜炎的常见细菌有效，比如金黄色葡萄球菌等。一般来说，使用时需按照医嘱频率滴眼，通常一天滴数次。妥布霉素滴眼液： 也是抗生素类眼药水，对革兰阳性菌及阴性菌都有作用，能治疗由敏感菌引起的细菌性结膜炎。它的安全性相对较好，儿童如果患细菌性结膜炎也可在医生指导下使用，但要注意遵循儿童用药的剂量等要求。
病毒性结膜炎常用眼药水
阿昔洛韦滴眼液： 是抗病毒药物，能选择性抑制单纯疱疹病毒DNA多聚酶，阻止病毒DNA合成，进而发挥抗病毒功效。主要用于治疗由单纯疱疹病毒引起的病毒性结膜炎，使用时要注意按疗程用药，可能需要连续使用几天到几周。更昔洛韦眼用凝胶： 同样针对病毒，能抑制病毒的复制过程。对于病毒性结膜炎有一定疗效，使用时要注意正确的涂抹方法，遵循医生规定的使用次数。
过敏性结膜炎常用眼药水
色甘酸钠滴眼液： 能稳定肥大细胞，阻止肥大细胞释放组胺、白三烯等过敏介质，从而减轻过敏反应。它可以预防过敏性结膜炎的发作，也能缓解已发作的眼痒等症状。在过敏季节前使用可能有较好的预防效果，使用时要注意每次滴药的量和频率。富马酸依美斯汀滴眼液： 是抗组胺药，可选择性地结合组胺H1受体，阻断组胺引起的过敏反应。能快速缓解过敏性结膜炎引起的眼痒等症状，使用时要按照医嘱使用，注意可能出现的一些轻微不良反应，如短暂的眼部灼热感等。