心肌炎通常是由病毒感染、自身免疫性疾病、药物和毒物等因素引起。其中病毒感染是最常见的病因，约有50%的心肌炎是由肠道病毒，如柯萨奇B病毒引起的。
病毒感染引发：
肠道病毒为主因： 像柯萨奇B病毒是导致心肌炎的常见肠道病毒之一，大约有一半左右的心肌炎病例是由这类病毒感染所引发。此外，埃可病毒、脊髓灰质炎病毒等肠道病毒也可能引发心肌炎。其他病毒也相关： 流感病毒、风疹病毒、巨细胞病毒等也能引起心肌炎。比如流感流行季节，感染流感病毒后就有可能损伤心肌，引发心肌炎。
自身免疫性疾病导致：
类风湿关节炎相关： 患有类风湿关节炎等自身免疫性疾病时，自身免疫系统会错误地攻击心肌组织，从而引发心肌炎。这类患者体内的自身抗体可能会对心肌细胞造成损害。系统性红斑狼疮关联： 系统性红斑狼疮患者的免疫系统失调，产生的自身抗体可累及心肌，引发炎症反应，导致心肌炎发生。
药物和毒物因素：
某些药物可致病： 一些药物在使用过程中可能会引发心肌炎，比如抗生素中的青霉素、磺胺类药物等，抗癫痫药物如苯妥英钠等，使用这些药物时有可能出现心肌炎症反应。毒物的不良影响： 某些毒物也会导致心肌炎，像一氧化碳中毒时，一氧化碳会影响心肌的正常供氧和代谢，进而损伤心肌引发炎症；铅中毒等情况也可能对心肌造成损害，引发心肌炎。