治牙周炎并没有绝对最好的药，要根据病情选择合适药物。一般常用的有抗菌药物、抗炎药物等。比如甲硝唑等硝基咪唑类药物可抑制厌氧菌生长，不过2岁以下儿童禁用甲硝唑。
抗菌药物选择
硝基咪唑类药物：像甲硝唑，它能抑制牙周炎患者口腔内厌氧菌的DNA合成，从而发挥抗菌作用，可用于牙周炎的辅助治疗，但2岁以下儿童禁止使用。四环素类药物：四环素族药物中的四环素、多西环素等，能抑制胶原酶活性，减少胶原的破坏，对牙周炎有一定的治疗作用，不过孕妇和8岁以下儿童不建议使用四环素类药物。
抗炎药物使用
非甾体抗炎药：布洛芬属于非甾体抗炎药，能减轻牙周炎引起的红肿、疼痛等炎症反应，缓解患者的不适症状，但有消化道溃疡病史的患者要慎用布洛芬。糖皮质激素：对于病情较严重的牙周炎患者，可能会局部使用糖皮质激素，如醋酸地塞米松粘贴片，能起到抗炎、抗过敏的作用，但长期大量使用可能会有一些副作用，需在医生严格指导下使用。
局部用药情况
含漱剂：氯己定含漱液是常用的含漱剂，它能有效抑制牙菌斑的形成，减少牙周炎患者口腔内的细菌数量，一般每天含漱2 - 3次，每次10 - 15毫升，但长期使用可能会使牙齿、舌背染色，停药后可逐渐消退。局部涂布药物：碘甘油也可用于牙周炎的局部治疗，它能缓慢释放碘，有杀菌、收敛、消炎的作用，可涂抹在牙龈沟内，但对碘过敏的患者禁用。