三个月大的婴儿夜里总是哭闹不止，原因包括周围环境、婴儿喂养、缺乏维生素D等，需依据具体情况选择不同处理办法。
一、检查周围环境与婴儿衣服：
1.若周围环境温度过高，或婴儿穿衣过多，会致使婴儿出汗过多，进而让婴儿身体不适。此时需减少婴儿衣服或降低屋内温度。
2.也可能是婴儿排尿排便后不舒服而哭闹，这就需要及时更换尿不湿，并精心护理。
二、检查婴儿饥饿情况：
如果喂养不足或到了该喂奶时间，应及时给予喂养，并增加乳量。
三、检查婴儿维生素D缺乏情况：
因为维生素D缺乏会导致钙吸收障碍，引起婴儿神经系统过度兴奋，从而造成婴儿夜间哭闹不止。这时必须及时补充维生素D。
总之，当三个月大的婴儿夜里持续哭闹时，要从多方面仔细排查原因，并采取相应的处理措施，以确保婴儿的健康和舒适。