三个月大的婴儿夜里总是哭闹不止，原因包括周围环境、婴儿喂养、缺乏维生素D等，需依据具体情况选择不同处理方式。
一、检查周围环境与婴儿衣服：
1.周围环境温度过高或婴儿穿衣过多，会导致婴儿出汗多而身体不适。此时需适当减少婴儿衣服或降低屋内温度。
2.婴儿排尿排便后可能因不舒服而哭闹，要及时更换尿不湿并细心护理。
二、检查婴儿饥饿情况：
如果喂养不足或到了喂奶时间，应及时给予喂养并增加乳量。
三、检查婴儿维生素D缺乏情况：
由于维生素D缺乏会引起钙吸收障碍，致使婴儿神经系统过度兴奋，造成婴儿夜间哭闹不止。这时应及时补充维生素D。
总之，当三个月大的婴儿夜里总是哭闹时，要从多个方面去查找原因并采取相应的处理措施，以确保婴儿的健康和舒适。