腱鞘囊肿的治疗方法有多种，一般来说，较小的囊肿有可能自行消退，而对于较大或有症状的囊肿，可以采取不同的治疗方式。比如，约1/3的患者囊肿可自行消退。
保守治疗
挤压法： 医生可以通过用力挤压，使腱鞘囊肿破裂，然后让其自行吸收。不过这种方法有一定的复发几率，而且对于一些位置较特殊的囊肿不太适用。针刺抽吸法： 用注射器将囊肿内的液体抽出，然后注入激素类药物，不过也存在复发的可能，一般抽出液体后加压包扎，减少复发概率。
手术治疗
适用情况： 如果腱鞘囊肿反复发作，或者囊肿较大影响到了关节的活动功能，这时候可能需要进行手术治疗。手术是将囊肿完整切除，相对来说复发几率会低一些，但也有一定的手术风险，比如感染等情况。
康复锻炼辅助
适度活动关节： 在囊肿治疗前后，适度进行关节的活动锻炼有助于恢复。比如手指部位的腱鞘囊肿，在康复期可以进行手指的屈伸活动练习，每天可以分多次进行，每次活动10 - 15分钟左右，慢慢增加活动的幅度和力度，但要避免过度劳累导致囊肿复发或加重症状。避免过度使用： 对于因过度使用关节引起的腱鞘囊肿，在治疗后要注意避免关节的过度使用。比如长期从事手工劳作的人，要注意劳逸结合，工作一段时间后要让关节适当休息，防止腱鞘囊肿再次出现。