龟头上长小水泡可能是多种原因引起的，比如生殖器疱疹，它是由单纯疱疹病毒感染引起的，约85%-90%由Ⅱ型单纯疱疹病毒引起，10%-15%由Ⅰ型单纯疱疹病毒引起。
可能的原因一：生殖器疱疹
症状表现： 通常在感染后2-14天出现症状，先有局部灼热、瘙痒或感觉异常，随后出现群集或散在的小水疱，2-4天后破溃形成糜烂或溃疡，自觉疼痛。传播途径： 主要通过性接触传播，与患有生殖器疱疹的患者发生性接触时，有很大几率被感染。
可能的原因二：龟头炎
细菌性龟头炎： 多因局部卫生不佳，细菌滋生感染导致。比如不经常清洗龟头和包皮，包皮垢堆积就容易引发细菌感染，出现小水疱，还可能伴有红肿、疼痛等症状。霉菌性龟头炎： 常与滥用抗生素、长期使用糖皮质激素或糖尿病等因素有关。感染后龟头上会出现小水疱，同时可能有瘙痒、分泌物增多等表现，分泌物往往呈豆腐渣样。
可能的原因三：接触性皮炎
过敏原接触： 比如对避孕套、新换的内裤材质等过敏，接触后局部会出现过敏反应，表现为龟头上长小水疱，还可能伴有瘙痒、红肿等症状。一般在接触过敏原后数小时至数天内发病。