肛门内痛可能由多种原因引起。比如，肛裂就可能导致肛门内痛，肛裂是肛管皮肤的破裂或撕裂，通常在排便时会感到剧烈疼痛，还可能伴有便血。一般来说，肛裂引发的肛门内痛在排便过程中或排便后较为明显。
一、肛肠疾病导致
痔疮： 内痔脱出嵌顿或血栓性外痔时，会出现肛门内痛，尤其是内痔脱出后不能回纳，肿胀疼痛明显。内痔多见于中老年人，长期久坐、便秘的人更容易患上。肛周脓肿： 肛门直肠周围软组织或其周围间隙发生急性化脓性感染形成脓肿，也会引起肛门内持续胀痛，且会逐渐加重，局部还可能红肿发热。这种情况任何年龄段都可能发生，免疫力低下者更易患病。
二、肠道炎症引发
溃疡性结肠炎： 这是一种慢性非特异性肠道炎症性疾病，累及直肠和结肠时，会出现肛门内隐痛、腹泻、黏液脓血便等症状。该病病程较长，容易反复发作，任何年龄均可发病，20 - 40岁较为多见。细菌性痢疾： 由痢疾杆菌引起的肠道传染病，会出现腹痛、腹泻，肛门内有坠胀感、灼痛等症状，多在夏秋季节高发，儿童和青壮年相对容易感染。
三、其他因素影响
异物损伤： 如果肛门内不慎进入异物，比如尖锐物体等，会立即引起肛门内剧烈疼痛，还可能伴有出血等情况。这种情况多见于儿童将小物件塞入肛门，或者成人意外情况。肠道肿瘤： 直肠肿瘤等肠道占位性病变，随着肿瘤的生长，可能会压迫周围组织，导致肛门内隐痛，还可能出现排便习惯改变、便血等症状，中老年人发病率相对较高。