胆固醇偏低可能由多种原因引起，比如饮食方面，如果长时间摄入胆固醇含量过低的食物，像长期素食且不摄入含胆固醇的蛋类、肉类等，就可能导致胆固醇偏低。一般来说，正常成人总胆固醇水平在2.8~5.2mmol/L之间，若低于这个范围较多就可能存在问题。
饮食因素导致
摄入不足： 长期饮食结构不合理，过度节食或者偏食，只吃蔬菜、水果等低胆固醇食物，而很少吃富含胆固醇的食物，如动物肝脏、蛋黄等。比如有些人每天的饮食中几乎没有肉类和蛋类，长期如此就容易使胆固醇合成原料缺乏，从而造成胆固醇偏低。吸收障碍： 一些胃肠道疾病会影响胆固醇的吸收，像患有慢性腹泻、短肠综合征等疾病时，肠道对营养物质包括胆固醇的吸收功能下降。例如短肠综合征患者，由于肠道吸收面积减少，胆固醇的吸收量会明显降低，进而导致体内胆固醇水平偏低。
疾病因素影响
甲状腺功能亢进： 甲状腺功能亢进时，甲状腺激素分泌过多，会加快机体的新陈代谢，包括胆固醇的代谢，使胆固醇分解加速，导致血清胆固醇水平降低。研究发现，约有20%~30%的甲状腺功能亢进患者会出现胆固醇偏低的情况。肝脏疾病： 肝脏是合成胆固醇的主要场所，当患有严重的肝脏疾病，如重症肝炎、肝硬化时，肝脏合成胆固醇的能力下降。例如重症肝炎患者，肝细胞受损严重，影响了胆固醇的合成途径，使得体内胆固醇生成减少，进而出现胆固醇偏低现象。
其他因素作用
年龄与性别： 一般来说，老年人群的胆固醇水平相对偏低，这与老年人机体代谢功能减退有关。另外，女性在绝经后，雌激素水平下降，胆固醇代谢会发生变化，也可能出现胆固醇偏低的情况。比如绝经后的女性，胆固醇水平可能比同年龄段男性稍低一些。药物影响： 某些药物也可能导致胆固醇偏低，如一些降脂药物中的他汀类药物，如果使用不当或剂量不合适，可能会过度抑制胆固醇合成，从而引起胆固醇水平降低。还有些抗癌药物等也可能对胆固醇代谢产生影响，导致胆固醇偏低。