肛窦炎可以使用抗生素类药物等治疗，一般根据病情选择合适药物，常用的有甲硝唑等。一般来说，针对细菌感染引起的肛窦炎，可选用合适的抗生素。
药物治疗方面
抗生素类药物：
甲硝唑： 属于硝基咪唑类抗生素，对厌氧菌有较好的抗菌作用。可以抑制细菌的DNA合成，从而起到杀菌消炎的效果。对于肛窦炎由厌氧菌感染引起的情况有一定疗效。头孢类抗生素： 如头孢拉定等，属于广谱抗生素，能抑制细菌细胞壁的合成，起到杀菌作用。如果是细菌感染导致的肛窦炎，根据病情可以选用。
局部用药
栓剂：
痔疮栓： 部分痔疮栓也可用于肛窦炎的辅助治疗，它可以起到消肿、止痛、消炎的作用，能缓解肛窦炎引起的局部不适症状。
软膏：
红霉素软膏： 属于大环内酯类抗生素软膏，局部涂抹可以在一定程度上抑制细菌生长，减轻肛窦炎局部的炎症反应，起到消炎的作用。
需注意的人群情况
孕妇：
孕妇使用药物需要特别谨慎，一些抗生素可能会对胎儿产生影响。例如甲硝唑，在妊娠早期一般不建议使用，如需使用需在医生严格评估利弊后谨慎决定。
儿童：
儿童使用药物时要注意剂量等问题，比如头孢类抗生素，儿童使用需要根据体重等计算合适的用量，而且要密切观察用药后的反应，因为儿童身体各器官功能发育尚未完全，药物代谢等与成人不同。
过敏体质者：
如果对某些抗生素过敏，如对头孢类抗生素过敏者，就不能使用相关头孢类药物来治疗肛窦炎，需要选用其他不过敏的药物替代，并且在用药前要详细告知医生过敏史。