肛窦炎的治疗药物选择需根据具体情况而定，一般常用的药物有抗生素类药物等。比如对于细菌感染引起的肛窦炎，可选用合适的抗生素。
抗生素类药物应用
抗生素选择： 对于由细菌感染导致的肛窦炎，常用的抗生素有青霉素类、头孢菌素类等。比如青霉素类中的阿莫西林，它通过抑制细菌细胞壁的合成发挥杀菌作用。不过使用抗生素时要注意，必须在医生指导下根据病情选用，不能自行随意使用。局部用抗生素： 还可以采用局部用药的方式，像甲硝唑栓等，将其置入肛门内，直接作用于肛窦部位，起到抗菌消炎的作用。局部用药相对全身用药副作用可能相对小一些，但也需要遵循医生的指导来使用。
中药相关药物
中药外洗： 一些中药外洗方也可用于肛窦炎的辅助治疗。比如用苦参、黄柏、地榆等中药煎水后进行坐浴，具有清热燥湿、消肿止痛的作用。一般可以每天坐浴1 - 2次，每次15 - 20分钟左右，能缓解肛窦炎引起的局部不适症状。中药内服： 也有一些中药方剂可根据患者的具体病情进行辨证论治后使用，比如一些具有清热利湿、凉血解毒功效的方剂，不过具体的方剂应用需要由中医师根据患者的实际情况来开具。
对症治疗药物
止痛药物： 如果肛窦炎患者伴有明显的疼痛症状，可适当使用一些止痛药物，如布洛芬等非甾体抗炎药。但要注意，这类药物可能会有一些胃肠道不适等副作用，在使用时要按照药物的说明书或医生的建议来使用，尤其是有胃肠道疾病的患者要谨慎。促进修复药物： 有些药物可以促进肛窦部位的黏膜修复，比如康复新液等，它能够促进创面愈合，对于肛窦炎导致的局部黏膜损伤等情况有一定的辅助修复作用，可以遵医嘱使用来帮助肛窦炎的恢复。