通常情况下，宝宝总是半夜咳嗽可能由以下原因引起：
一、呼吸道感染：
如果宝宝出现总是半夜咳嗽的症状，同时还伴有发热、精神不振、咳痰等表现，那就可能是呼吸道感染所致。针对这种情况，可以在医生指导下使用以下药物进行治疗：
1.头孢克肟颗粒：这是一种抗生素类药物，具有抗菌消炎的作用。
2.盐酸丙卡特罗口服溶液：可缓解呼吸道症状。
二、积食：
如果宝宝进食过多而发生积食，或者室内环境过度干燥，可能会造成脾胃损伤、饮食不消化等问题，从而也有可能导致宝宝总是半夜咳嗽。对此，可以在医生指导下使用如下药物来处理：
1.小儿七珍丹：能帮助消积导滞。
2.小儿香桔丹：对改善相关症状有一定作用。
三、过敏：
当宝宝对某些辅食过敏或者接触了飞絮、粉尘等过敏原时，就可能引发过敏反应，进而出现宝宝总是半夜咳嗽的情况。此时可以在医生指导下应用以下药物：
1.西替利嗪：具有抗过敏的效果。
2.氯雷他定：可减轻过敏症状。
总之，当宝宝总是半夜咳嗽时，要注意观察其是否伴有其他症状，以便准确判断原因，并在医生的指导下进行相应的治疗。