肛门直肠先天性畸形的检查包含如下几种方式：
一、X线检查
X线检查能够精确测量直肠闭锁的高度，明晰直肠末端与耻骨直肠肌的位置关联，还能判别有无泌尿生殖瘘和腰骶椎畸形的情况。此外，瘘管造影和膀胱尿道造影也可通过X线检查来实施。通过瘘管造影可以清晰显示瘘管的具体形态和走向，有助于准确评估瘘管的特征。而膀胱尿道造影则能对泌尿系统的结构和功能进行详细观察，及时发现可能存在的异常情况。
二、B超检查
利用B超检查能够准确测定直肠盲端与会阴肛区皮肤之间的距离。B超具有无创、安全且可重复性强的优点，能够提供清晰的图像，帮助医生准确判断相关的解剖结构和距离信息。
三、探针检查
通过应用探针来检查窦道的走向、长度和粗细等情况，同时用指尖在肛门区触摸探针头，能大致知晓盲端与皮肤的距离。这种检查方法相对简单直接，可以为进一步的诊断和治疗提供重要的参考依据。
四、窥镜检查
对于直肠阴道瘘的患儿，可采用鼻窥镜直接观察瘘口的位置和大小。窥镜检查能够提供直观的视野，有助于更准确地评估瘘口的具体情况，为制定合适的治疗方案奠定基础。
总之，这些检查方法对于肛门直肠先天性畸形的准确诊断和全面评估具有重要意义。