一般来说，卵巢囊肿手术后对怀孕的影响因多种因素而异。如果是良性卵巢囊肿，手术剔除囊肿后，约有60% - 70%的患者在术后1年内可以自然受孕。但如果是恶性卵巢囊肿，情况会复杂很多，对怀孕的影响较大。
囊肿性质与手术方式的影响
良性囊肿单纯剔除术： 如果是较小的良性卵巢囊肿，采用单纯囊肿剔除术，对卵巢功能影响相对较小。这类手术主要是去除囊肿，尽可能保留正常卵巢组织，术后卵巢排卵功能大多能逐渐恢复，怀孕几率相对较高。例如直径小于5厘米的良性卵巢囊肿，术后怀孕概率相对乐观。良性囊肿伴部分卵巢切除： 若囊肿较大，手术中切除了部分卵巢组织，那么卵巢的排卵功能和内分泌功能都会受到一定影响。切除卵巢组织越多，对怀孕的影响越大。比如切除1/3以上卵巢组织，怀孕几率可能会下降到40%左右。恶性囊肿手术： 对于恶性卵巢囊肿，手术通常需要切除患侧附件甚至更广泛的组织，还可能需要结合化疗等综合治疗。这种情况下，怀孕的难度会大大增加。一方面，卵巢组织被大范围切除，排卵功能严重受损；另一方面，术后身体状况较差，内分泌环境紊乱，怀孕几率可能不足30%，而且即使怀孕，流产、早产等风险也会明显升高。
术后恢复情况的影响
恢复良好的情况： 术后身体恢复顺利，没有出现感染、盆腔粘连等并发症的女性，怀孕几率相对较高。一般术后3 - 6个月身体基本恢复，若卵巢功能正常，就有受孕可能。比如术后月经规律，激素水平正常，那么怀孕的机会就比较大。恢复不佳的情况： 如果术后发生盆腔粘连，会影响输卵管的通畅性以及卵巢的正常排卵和功能。盆腔粘连可能导致输卵管堵塞，使卵子无法正常运输到子宫，从而难以受孕。据统计，术后发生盆腔粘连的患者，怀孕几率会降低到30%以下。另外，术后如果出现卵巢功能减退，雌激素水平下降，也会影响受孕，怀孕几率可能会降到20%左右。
个体差异的影响
年龄因素： 年轻女性卵巢储备功能较好，即使卵巢囊肿手术后有一定影响，怀孕几率相对较高。而年龄较大的女性，本身卵巢功能逐渐衰退，术后怀孕难度更大。比如35岁以上的女性，术后怀孕几率比25 - 30岁的女性低约20%。基础生育状况： 本身输卵管通畅、子宫环境良好的女性，卵巢囊肿术后怀孕几率相对高。而本身存在输卵管不通、子宫内膜异位症等基础问题的女性，术后怀孕几率会受到更大影响。例如本身有输卵管不通的女性，卵巢囊肿术后即使卵巢功能正常，怀孕几率也可能只有30%左右，因为输卵管不通阻碍了受精卵的运输。