小肚子下边两侧疼可能由多种原因引起。比如女性的话，妇科方面的问题比较常见，像盆腔炎就可能导致这种疼痛，盆腔炎的发病可能和性生活、宫腔操作等有关，一般疼痛可能持续存在或在劳累后加重等；而男性的话，可能是泌尿系统的问题，像输尿管结石，输尿管结石引起的疼痛往往比较剧烈，呈绞痛样，还可能伴有血尿等症状。
妇科疾病因素
盆腔炎：女性盆腔内的器官发生炎症时，比如子宫、输卵管、卵巢等部位发炎，就可能出现小肚子下边两侧疼的情况。盆腔炎分为急性和慢性，急性盆腔炎除了下腹部疼痛外，还可能伴有发热，体温可能达到38℃以上，同时有白带增多且有异味等表现；慢性盆腔炎则可能反复出现下腹部隐痛，在月经前后、劳累后症状会加重。附件炎：附件包括输卵管和卵巢，附件发生炎症时也会引起小肚子下边两侧疼。附件炎急性发作时，疼痛比较明显，可能伴有寒战、高热等症状；慢性附件炎则表现为下腹部隐痛、坠胀感，并且可能会影响月经，导致月经失调等情况。
泌尿系统疾病因素
输尿管结石：当输尿管内有结石堵塞时，会引起剧烈的疼痛，疼痛部位多在小肚子下边两侧，呈阵发性绞痛。这种疼痛会非常剧烈，患者往往难以忍受，同时可能伴有血尿，尿液中可看到明显的血色，有的还会出现恶心、呕吐等症状。而且结石在移动过程中，可能会损伤输尿管黏膜，导致出血。膀胱炎：膀胱发生炎症时，也可能放射到小肚子下边两侧引起疼痛。膀胱炎除了下腹部疼痛外，还会有尿频、尿急的症状，患者会频繁地想去排尿，每次排尿量很少，排尿时还可能有尿道烧灼感。急性膀胱炎起病急，症状比较明显，慢性膀胱炎则症状相对较轻，但容易反复发作。
肠道疾病因素
乙状结肠炎：乙状结肠位于小肚子下边两侧附近，当乙状结肠发生炎症时，会出现疼痛。乙状结肠炎患者可能有腹泻的症状，大便次数增多，粪便多为黏液便或脓血便，同时伴有下腹部的隐痛，疼痛程度一般不太剧烈，但会持续存在，在进食辛辣、油腻等刺激性食物后可能会加重。肠痉挛：肠道受到刺激时可能发生肠痉挛，比如腹部着凉、进食过多生冷食物等，会引起小肚子下边两侧阵发性的疼痛。肠痉挛引起的疼痛一般是阵发性的，疼痛程度时轻时重，通过保暖、按摩等方式可能会有所缓解。