肝结石的治疗需根据具体情况而定，对于无症状的肝结石，通常定期复查即可，每6~12个月进行一次腹部B超检查，观察结石情况。而有症状或并发症的肝结石则需要积极治疗。
手术治疗方式
腹腔镜肝切除术： 如果肝内结石局限在某一叶或一段肝脏，且伴有肝脏萎缩等情况，可考虑腹腔镜下切除病变肝组织。这种手术创伤相对传统开放手术较小，术后恢复较快，一般术后住院时间约5~7天。胆肠吻合术： 对于肝内胆管结石合并胆管狭窄的患者，可能需要进行胆肠吻合术，重建胆汁引流通道，使胆汁能够顺利排出，减少结石形成和复发的风险。
内镜治疗方法
经内镜逆行胰胆管造影（ERCP）： 对于肝外胆管的结石，可以通过ERCP进行治疗。医生会通过口腔、食管、胃到达十二指肠乳头，插入导管至胆管内，取出结石或放置支架引流胆汁。但对于肝内胆管的结石，ERCP治疗相对较困难。一般ERCP术后需要住院观察1~3天。
药物辅助治疗
熊去氧胆酸： 可以促进胆汁分泌，改变胆汁成分，降低胆汁中胆固醇及胆固醇酯的饱和度，从而有助于小的肝内胆管结石的溶解和排出。但它一般需要长期服用，至少服用3~6个月才能见到一定效果，而且并非所有患者都有效。
生活方式调整
饮食控制： 患者应减少高脂肪、高胆固醇食物的摄入，如动物内脏、油炸食品等。每天脂肪摄入量应控制在40~50克以内。同时，要增加膳食纤维的摄入，多吃蔬菜、水果等，每天膳食纤维摄入量宜达到25~30克。多饮水： 每天保证饮水量在2000~3000毫升，以增加尿液和胆汁的分泌，有助于冲刷胆道，减少结石形成的机会。