灰指甲治疗可采用口服药物结合外用药物的方式，一般规范治疗需数月时间。
口服药物选择
伊曲康唑：是常用的抗真菌口服药，采用冲击疗法，即服用一周，停药三周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它能抑制真菌细胞膜的合成，发挥抗真菌作用。特比萘芬：也是口服抗真菌药，每天服用一次，连续服用12周 - 16周，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻断真菌细胞膜合成来杀菌。
外用药物辅助
阿莫罗芬搽剂：每周使用1 - 2次，直接涂抹在病甲上，能渗透进甲板发挥抗真菌作用，不过单独使用起效相对较慢，常与口服药联合使用。环吡酮胺乳膏：每天涂抹病甲部位1 - 2次，抑制真菌细胞的脂肪酸合成，从而达到抗真菌效果，可用于辅助治疗灰指甲。
手术治疗情况
拔甲术：适用于单发的灰指甲，过去常用，但现在较少采用，因为术后痛苦较大，恢复时间长，而且容易复发，现在更多是配合药物治疗。手术需要在局部麻醉下进行，将病甲拔除，术后要精心护理防止感染。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲，破坏真菌生存环境，辅助治疗灰指甲，一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，痛苦较小，但费用相对较高。
日常护理要点
保持足部干燥：灰指甲真菌喜欢潮湿环境，所以要勤换袜子，选择透气性好的鞋子，每天清洗脚部并擦干，尤其是脚趾间要保持干燥，比如每天至少换一次袜子，鞋子最好是棉质或透气网面的。避免交叉感染：不要与他人共用拖鞋、脚盆等物品，家人有灰指甲的也要及时治疗，防止相互传染，比如自己的拖鞋不要让别人穿，家里的脚盆单独使用。