霉菌性尿道炎主要由白色念珠菌等真菌感染引起，治疗上一般需要使用抗真菌药物，通常7~14天为一个疗程，常用的药物有氟康唑等。
抗真菌药物选择
氟康唑：属于三唑类抗真菌药，通过抑制真菌细胞色素P450依赖酶，阻碍真菌细胞膜麦角固醇的生物合成，从而发挥抗真菌作用。一般可口服使用。伊曲康唑：也是常用的抗真菌药物，它能高度选择性地抑制真菌细胞的细胞色素P450的活性，从而抑制真菌细胞膜上麦角固醇的合成，达到抗菌效果，可口服给药。
局部治疗辅助
外用洗剂：可以使用碳酸氢钠溶液等碱性洗剂清洗局部，因为白色念珠菌在碱性环境下不利于生长繁殖。一般每天清洗1~2次，持续数天。尿道内灌注：对于病情较严重的患者，有时会采用尿道内灌注抗真菌药物的方法，比如使用制霉菌素混悬液等，但需要在医生操作下进行。
生活方式调整
多饮水：患者每天应保证充足的饮水量，至少1500~2000毫升，这样可以增加排尿次数，通过尿液的冲刷作用，有助于减轻尿道的炎症反应，促进病菌的排出。避免刺激：要避免食用辛辣刺激性食物，如辣椒、芥末等，同时要避免饮酒，这些因素都可能会加重尿道的不适症状。还要注意个人卫生，保持会阴部清洁干燥，勤换内裤。
特殊人群注意
糖尿病患者：这类患者由于血糖较高，容易并发霉菌性尿道炎，在治疗霉菌性尿道炎的同时，需要积极控制血糖。一般空腹血糖应控制在7mmol/L以下，餐后血糖控制在10mmol/L以下，只有血糖得到良好控制，霉菌性尿道炎才更容易治愈且不易复发。免疫力低下者：如长期使用免疫抑制剂的患者、艾滋病患者等，他们的免疫力较差，治疗霉菌性尿道炎时，除了使用抗真菌药物外，还需要想办法提高自身免疫力。比如适当补充营养，保证蛋白质、维生素等的摄入，必要时可能需要在医生评估下调整免疫抑制剂的使用情况。