肠易激综合症的治疗药物选择需根据具体症状来，一般调节肠道动力的药物如曲美布汀，能调节胃肠运动功能，约多数患者用药后能改善症状；缓解腹痛的药物中，匹维溴铵对胃肠道具有高度选择性的钙拮抗作用，可缓解肠易激综合症引起的腹痛，起效相对较快。
调节肠道动力类药物
曲美布汀： 能调节胃肠运动功能，对胃肠道平滑肌有双向调节作用，可使运动功能亢进的部分降低，运动功能低下的部分升高，约60%左右的患者用药后能改善腹痛、腹胀等症状。替加色罗： 主要用于女性便秘型肠易激综合症患者，能改善症状，但部分患者使用后可能出现头痛等不良反应。
缓解腹痛类药物
匹维溴铵： 对胃肠道具有高度选择性的钙拮抗作用，通过抑制钙离子流入肠道平滑肌细胞，发挥抗痉挛作用，可有效缓解肠易激综合症引起的腹痛，起效时间一般在半小时到1小时左右。奥替溴铵： 具有解痉挛和抗分泌作用，能缓解肠易激综合症导致的腹部不适，服用后约40分钟左右开始发挥作用。
改善肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，可调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，约70%的患者服用后能改善肠易激综合症引起的腹泻、腹胀等症状，且安全性较高，儿童也可在医生指导下谨慎使用。枯草杆菌二联活菌颗粒： 能补充肠道有益菌，抑制有害菌生长，调节肠道菌群，对肠易激综合症引起的肠道功能紊乱有一定改善作用，婴幼儿也可使用，一般服用后1 - 2天可见症状改善迹象。