肝部囊肿形成的原因较为多样，其中先天性因素较为常见，比如在胚胎发育时期，胆管发育异常就可能逐渐形成囊肿，这种情况没有特定的年龄或人群高发的绝对规律，但先天性肝囊肿较为多见。
先天性发育异常导致
胆管发育异常： 在胚胎时期，胆管的发育出现偏差，使得胆管形成了局部的扩张，进而逐渐发展成为肝部囊肿。这种发育异常是从胚胎阶段就开始埋下的“种子”，不过具体为何会出现胆管发育异常，目前医学上还没有完全明确其确切的触发因素，但它确实是先天性肝囊肿形成的重要原因之一。肝内迷走胆管： 胚胎发育过程中，肝内存在一些迷走胆管，这些迷走胆管在后续的生长发育中，有可能逐渐形成囊肿。就好比是发育过程中出现了一些“多余”的胆管组织，没有按照正常的路径发展，而是慢慢形成了囊肿结构。
寄生虫感染相关
肝包虫囊肿： 这是由于细粒棘球绦虫的幼虫感染所引起的。当人体摄入了含有棘球绦虫卵的食物后，虫卵在肠道内孵化出幼虫，幼虫会通过血液循环到达肝脏，在肝脏内逐渐生长发育形成囊肿。在一些畜牧地区，因为接触家畜等感染风险较高，肝包虫囊肿的发生率相对会高一些。比如在我国西北等畜牧养殖相对集中的地区，就有一定比例的人群会受到肝包虫囊肿的困扰。华支睾吸虫感染： 华支睾吸虫感染也可能与肝部囊肿的形成有一定关联。华支睾吸虫寄生在胆道系统，会引起胆管的炎症、阻塞等，长期的炎症刺激可能导致胆管局部扩张形成囊肿样结构。一般来说，有生食或半生食含有华支睾吸虫囊蚴的淡水鱼、虾病史的人群，感染风险会增加，进而增加了肝部囊肿形成的可能性。
创伤因素
外伤导致： 腹部受到严重外伤时，肝脏可能会受到撞击等损伤，在肝脏修复的过程中，有可能形成血肿，血肿机化后就可能逐渐形成囊肿。例如，交通事故中腹部受到剧烈撞击，或者高处坠落等导致肝脏受伤，就存在后续形成创伤性肝囊肿的风险。不过这种因创伤导致的肝部囊肿相对先天性和寄生虫感染因素引起的比例要低一些，但也是一个不可忽视的原因。医源性创伤： 在一些肝脏相关的手术操作过程中，如果对肝脏组织造成了一定的创伤，术后也有可能形成囊肿。比如肝脏肿瘤切除手术中，对周围组织的处理不当等情况，都可能引发创伤性肝囊肿。不过随着医疗技术的不断进步，医源性创伤导致的肝部囊肿发生率已经大大降低，但在一些复杂的肝脏手术中还是需要谨慎操作来避免这种情况的发生。