肝有囊肿的成因较为多样，其中先天性因素是常见原因之一，约有90%的肝囊肿是先天性的，这是因为胚胎发育时期胆管发育异常所导致。
一、先天性发育异常
胆管发育异常： 在胚胎发育的过程中，胆管如果出现异常的分支或者扩张，就有可能逐渐形成囊肿。这种情况从出生时就已经存在，只是很多人在成年后通过检查才被发现。
二、寄生虫感染
肝包虫囊肿： 这是由于感染了棘球绦虫所致。比如在畜牧地区，人们接触到含有棘球绦虫虫卵的食物或环境后，虫卵进入人体，随着血液循环到达肝脏，就会逐渐发育成囊肿。
三、创伤因素
外伤后形成： 当肝脏受到外力撞击等创伤时，肝脏内部的小胆管可能会受损，导致局部胆汁潴留，时间久了就有可能形成囊肿。不过这种情况相对较少见。
四、炎症因素
慢性炎症刺激： 肝脏的慢性炎症，如慢性胆管炎等，长期的炎症刺激会使胆管壁发生改变，影响胆汁的正常流通，进而形成囊肿。例如一些患有慢性胆道疾病的患者，就有较高的肝囊肿发生风险。