亲子鉴定的方法主要有以下几种：
1.血型测试：通过对血型的检验比对来确亲子关系。
检验的血型系统越多，其准确性就越高，如果血型检验的结果表示无遗传关系，可作出否定亲子关系的结论，但结果存在遗传关系也不能完全确定是亲子关系。
二十世纪七十年代，人们发现可以用白血细胞的抗原来进行亲子鉴定，准确性可达80%。
再结合血型检验，能达到较高的准确程度。
2.染色体多态性：20世纪80年代，医学家们又开创了使用染色体多态性鉴定亲子关系的技术，染色体多态性又称异态性，是指正常人群中常见的各种染色体形态的微小变异，这种多态是可以遗传的。
这项技术就是利用其形态来鉴定亲子关系，这要靠技术人员的主观判断，其准确率也不尽如人意。
3.DNA鉴定：鉴定亲子关系目前用得最多的是DNA分型鉴定。人的血液、毛发、唾液、口腔细胞及骨头等都可以用于亲子鉴定，十分方便。
一个人有23对（46条）染色体，同一对染色体同一位置上的一对基因称为等位基因，一般一个来自父亲，一个来自母亲。如果检测到某个DNA位点的等位基因，一个与母亲相同，另一个就应与父亲相同，否则就存在疑问了。
利用DNA进行亲子鉴定，只要作十几至几十个DNA位点作检测，如果全部一样，就可以确定亲子关系，如果有3个以上的位点不同，则可排除亲子关系，有一两个位点不同，则应考虑基因突变的可能，加做一些位点的检测进行辨别。
DNA亲子鉴定，否定亲子关系的准确率几近100%，肯定亲子关系的准确率可达到99.99%。