长期吃制何首乌可能会带来一些副作用。有研究发现，长期服用制何首乌可能会对肝脏造成一定影响，有引发药物性肝损伤的风险。
对肝脏的潜在影响
肝损伤风险： 长期食用制何首乌可能干扰肝脏的正常代谢功能，增加肝损伤的发生几率。临床观察显示，部分长期服用制何首乌的人群，会出现转氨酶升高等肝功能异常的情况。个体差异表现： 不同个体对制何首乌的耐受性不同，有的人群可能在较短时间内就出现肝功能的细微变化，而有的人群可能在较长时间后才表现出明显异常，但总体而言都应引起重视。
对胃肠道的可能影响
胃肠不适反应： 一些人长期吃制何首乌后可能会出现胃肠道不适，比如恶心、呕吐、腹胀等症状。这是因为制何首乌中的某些成分可能会刺激胃肠道黏膜，影响胃肠道的正常消化和蠕动功能。个体敏感差异： 有些人本身胃肠道较为敏感，长期食用制何首乌时，胃肠道不适的症状可能会更明显；而胃肠道功能相对较好的人，可能症状相对较轻，但也不能完全排除出现不适的可能性。
对神经系统的影响
神经系统异常表现： 有少数长期服用制何首乌的案例报道显示，可能会出现头晕、头痛等神经系统方面的异常情况。不过目前这方面的研究还在进一步深入中，但也提示长期服用制何首乌需要关注神经系统的状况。特殊人群需警惕： 对于本身就有神经系统基础疾病的人群，长期吃制何首乌可能会加重神经系统的异常症状，这类人群更应该谨慎使用制何首乌，在使用前最好咨询医生的意见。