治疗结石的方法有多种，对于较小的结石，可通过大量饮水等方式促进排出，而较大的结石则可能需要手术等方式处理。比如直径小于6毫米的肾结石，约有50%~70%可通过保守治疗自行排出。
药物治疗
利尿剂： 如氢氯噻嗪等，可增加尿液生成，帮助小结石随尿液排出，但长期使用需监测电解质情况。溶石药物： 对于尿酸结石等特定类型结石，可使用别嘌醇等药物抑制尿酸生成，从而辅助结石溶解，但药物溶石效果较慢，一般需要数周甚至数月。
手术治疗
体外冲击波碎石： 利用冲击波聚焦后击碎体内结石，适用于直径在2厘米以下的肾结石、输尿管上段结石等。一般来说，经过1~2次体外冲击波碎石治疗，大部分结石可被击碎排出，但对于一些质地坚硬的结石可能效果不佳。输尿管镜取石术： 经尿道插入输尿管镜，找到结石后用激光等将结石击碎并取出，适用于中下段输尿管结石等。手术创伤相对较小，术后恢复较快，通常术后1~2天即可出院。经皮肾镜取石术： 通过腰部穿刺建立通道，进入肾脏取出结石，适用于较大的肾结石等。该手术取石效率较高，但术后可能会有腰部疼痛、出血等并发症，一般需要住院3~7天。
生活方式调整
增加饮水量： 每天至少饮用2000~3000毫升水，保持尿液稀释，有助于小结石的排出和预防结石形成。比如每天定时定量饮水，分多次饮用，不要等到口渴才喝水。调整饮食结构： 对于草酸钙结石患者，要限制菠菜、苋菜、坚果等富含草酸的食物摄入；对于尿酸结石患者，要减少动物内脏、海鲜、啤酒等富含嘌呤的食物摄入；对于含钙结石患者，要适当限制高钙食物如牛奶等的过量摄入，但也不能过度限制，以免导致骨质疏松等问题。