性别认知障碍的治疗需要综合多种方法，一般来说，心理干预是重要的治疗方式。例如，持续的心理治疗可能需要数月甚至更长时间。
心理治疗为主导
认知行为疗法： 通过帮助患者重新认识和调整与性别认知相关的认知和行为模式，逐步引导其适应符合自身真实性别认同的状态。治疗过程中，治疗师会与患者深入探讨其性别认知相关的想法和行为，帮助患者梳理错误或混乱的认知。支持性心理治疗： 为患者提供一个安全、接纳的环境，让患者能够倾诉内心的困惑、焦虑等情绪。治疗师会给予患者情感上的支持，增强患者应对性别认知障碍相关问题的信心。例如，每周进行1 - 2次的支持性心理治疗 sessions。
激素治疗的情况
青春期前儿童： 对于青春期前有性别认知障碍的儿童，一般不建议过早进行激素治疗。因为儿童的身体发育尚未成熟，过早干预可能会带来不可预测的健康风险。青春期后个体： 部分青春期后有明确性别认同的个体可能会考虑激素治疗。但激素治疗需要在专业医生的严格评估和密切监测下进行。激素治疗可能会引起一些副作用，如长期使用雌激素可能增加患某些疾病的风险等。
手术干预的考量
性别重置手术： 这是一种较为复杂的干预方式，通常在经过长期且充分的心理评估后，确认个体有强烈且持续的性别认同，并且经过多种非手术治疗后效果不佳的情况下才会考虑。手术包括乳房成形术、喉结整形术等不同的项目，手术存在一定的风险，如感染、出血、术后恢复不理想等情况。而且手术前需要患者经过至少1 - 2年的心理治疗评估等一系列严格流程。