慢性肠炎的用药需根据具体病情来定，常用的药物有抗生素类、止泻类、调节肠道菌群类等。比如对于细菌感染引起的慢性肠炎，可能会用到抗生素，而对于腹泻症状明显的，会用到止泻药来缓解。
抗生素类药物
细菌感染导致的慢性肠炎：如果是细菌感染引发的慢性肠炎，常用的有诺氟沙星等喹诺酮类抗生素，但需要注意18岁以下人群禁用诺氟沙星。还有黄连素，它对肠道细菌有一定的抑制作用，副作用相对较小。
止泻类药物
蒙脱石散：这是一种常用的止泻药，它可以在肠道表面形成一层保护膜，吸附肠道内的毒素和病菌，起到止泻的作用。一般成人每次服用1袋（3克），每天3次，儿童根据年龄减量服用。药用炭片：能吸附肠道内的气体和毒素，减少对肠道黏膜的刺激，从而达到止泻的效果。服用时要注意，不宜与维生素、抗生素等同时服用，以免影响药效。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌三联活菌胶囊：可以补充肠道内的有益菌，调节肠道菌群平衡，改善肠道功能。它需要冷藏保存，以保持菌种的活性。枯草杆菌二联活菌颗粒：含有枯草杆菌和屎肠球菌等有益菌，能调节肠道菌群，适用于因肠道菌群失调引起的慢性肠炎，儿童也可以服用，用温水冲服。