慢性肠炎的药物治疗需根据具体病情来选择，一般常用的药物有抗生素类、止泻类、调节肠道菌群类等。比如对于细菌感染引起的慢性肠炎，可能会用到抗生素，而对于腹泻症状明显的患者会用到止泻药等。
常用药物种类
抗生素类药物：
细菌性慢性肠炎： 如果是细菌感染导致的慢性肠炎，常用的有诺氟沙星等喹诺酮类抗生素。但需要注意，18岁以下人群禁用诺氟沙星，因为可能会影响骨骼发育。它可以抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而起到杀菌作用。真菌性慢性肠炎： 若为真菌感染引起，可能会用到制霉菌素等药物，制霉菌素能与真菌细胞膜上的甾醇结合，改变细胞膜的通透性，导致细胞内物质外漏，发挥抗真菌作用。
止泻类药物：
蒙脱石散： 这是常用的止泻药，它可以在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的毒素和病原体以及多余的水分，一般成人每次服用1袋（3克），儿童根据年龄减量服用，能有效缓解腹泻症状。黄连素： 也有一定的止泻作用，它对痢疾杆菌、大肠杆菌等有抑制作用，可用于肠道感染引起的慢性肠炎腹泻。
调节肠道菌群类药物：
双歧杆菌三联活菌胶囊： 里面含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌和粪肠球菌等有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群平衡，改善肠道功能，一般每天服用2 - 3次，每次2 - 4粒，冷藏保存。枯草杆菌二联活菌颗粒： 含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，抑制肠源性毒素的产生和吸收，适用于肠道菌群失调引起的慢性肠炎，儿童可以服用，用低于40℃的温水或牛奶冲服。