肝癌常见的肿瘤标志物主要有甲胎蛋白（AFP）、糖类抗原19-9（CA19-9）、异常凝血酶原（PIVKA-Ⅱ）等。其中甲胎蛋白是诊断肝癌相对特异的标志物，一般来说，成人血清中甲胎蛋白正常参考值通常小于25μg/L。当甲胎蛋白大于400μg/L，持续四周以上，同时结合影像检查高度提示有肝癌可能时，就要高度怀疑肝癌。
甲胎蛋白（AFP）：
正常范围： 成人血清中甲胎蛋白正常参考值一般小于25μg/L。但在一些特殊情况，比如孕妇，孕期甲胎蛋白会升高，一般在妊娠3个月后开始升高，7-8个月时达到高峰，一般不超过400μg/L，分娩后3周左右恢复正常。临床意义： 甲胎蛋白明显升高常见于原发性肝癌，约70%的肝癌患者甲胎蛋白会升高。但也有部分肝癌患者甲胎蛋白不升高，所以甲胎蛋白正常也不能完全排除肝癌。另外，一些非恶性疾病如急慢性肝炎、肝硬化等也可能导致甲胎蛋白轻度升高，一般会低于300μg/L。
糖类抗原19-9（CA19-9）：
正常范围： 血清中糖类抗原19-9正常参考值一般小于37U/mL。临床意义： CA19-9在肝癌患者中也可能升高，尤其是合并胆道梗阻的肝癌患者，CA19-9升高比较明显。但它不是肝癌特异的标志物，在胰腺癌、胆道癌等疾病中也会显著升高，在一些良性疾病如胰腺炎、胆囊炎等也可能出现轻度升高。
异常凝血酶原（PIVKA-Ⅱ）：
正常范围： 正常人体内异常凝血酶原水平较低，一般小于20μg/L。临床意义： 异常凝血酶原对原发性肝癌有较高的特异性，尤其是在甲胎蛋白阴性的肝癌患者中，异常凝血酶原的诊断价值较高。在肝癌患者中，异常凝血酶原升高，而且在肝癌治疗后如果肿瘤缩小，异常凝血酶原会下降，复发时又会升高，所以它对于肝癌的诊断、疗效评估和复发监测有一定意义。