腺样囊性癌的预后与多种因素有关，早期患者有一定的治愈可能，比如早期发现的腺样囊性癌，通过手术完整切除，5年生存率可能达到60%~80%左右，但中晚期患者预后相对较差。
治疗方式影响预后
手术治疗： 手术是腺样囊性癌的主要治疗手段。对于早期局限的肿瘤，完整的手术切除是关键。例如，发生在涎腺部位的腺样囊性癌，尽量完整切除肿瘤及周围组织，能为患者争取较好的预后。但如果肿瘤侵犯周围重要结构，手术完整切除难度大，会影响治疗效果。放疗作用： 放疗对腺样囊性癌有一定作用。即使手术切除后，也常需辅助放疗。因为腺样囊性癌有沿神经浸润的特点，手术有时难以完全清除神经周围的癌细胞，放疗可以补充局部控制。一般术后需要进行40~60Gy的放疗剂量。化疗情况： 化疗多作为辅助治疗。对于晚期或复发转移的腺样囊性癌，可考虑化疗。常用的化疗药物有顺铂等，但单纯化疗效果有限，通常与手术、放疗联合应用来提高疗效。
肿瘤分期很关键
早期肿瘤： 当腺样囊性癌处于早期，肿瘤局限，没有发生转移，通过积极的手术切除等治疗，很多患者可以达到临床治愈，长期生存。比如肿瘤直径较小，未侵犯周围重要组织器官，这时候治疗效果相对理想。中晚期肿瘤： 中晚期的腺样囊性癌，肿瘤往往已经侵犯周围组织或发生了转移，治疗难度增大。即使经过手术、放疗、化疗等综合治疗，复发和转移的风险也较高，预后相对较差。例如肿瘤已经侵犯邻近骨骼或远处器官有转移时，患者的生存时间会明显缩短。
患者个体差异影响
年龄因素： 年轻患者相对年老患者可能预后稍好一些。因为年轻患者身体状况一般较好，对治疗的耐受性相对较强，能够更好地承受手术、放疗、化疗等带来的不良反应，在治疗后恢复等方面也有优势。而年老患者可能合并有其他基础疾病，对治疗的耐受性差，影响治疗效果和预后。肿瘤分化程度： 肿瘤细胞分化程度也很重要。分化程度较高的腺样囊性癌，其生物学行为相对温和，生长、侵袭和转移能力相对较弱，治疗后预后相对较好；而分化程度低的肿瘤，恶性程度高，容易复发和转移，预后较差。