腺样囊性癌的治疗主要包括手术治疗、放射治疗和化学治疗等方式。手术治疗是其主要的治疗手段，对于早期的腺样囊性癌患者，完整切除肿瘤是关键，手术切除范围会根据肿瘤的部位等因素来确定，一般来说，手术争取做到广泛切除肿瘤组织。
手术治疗方面
原发肿瘤切除： 对于发生在头颈部等部位的腺样囊性癌，手术需尽量切除肿瘤病灶，比如发生在腮腺的腺样囊性癌，要根据肿瘤情况完整切除腮腺及周围可能受侵的组织。手术时要保证切缘阴性，以降低局部复发风险。转移病灶处理： 如果有颈部淋巴结转移等情况，可能需要进行颈部淋巴结清扫术，清除转移的淋巴结组织。
放射治疗方面
术后辅助放疗： 对于手术切除不彻底或者肿瘤侵犯范围较广的患者，通常会在术后进行辅助放射治疗。一般会采用常规分割放疗，总剂量通常在60Gy左右，分30次左右完成。放疗可以杀灭残留的肿瘤细胞，降低局部复发几率。不能手术患者的放疗： 对于一些不能耐受手术或者晚期无法手术的患者，也可以单独进行放射治疗来控制肿瘤生长，缓解症状。
化学治疗方面
辅助化疗： 目前对于腺样囊性癌的辅助化疗并没有非常统一的标准方案，但对于一些高危复发风险的患者，可能会考虑使用化疗。常用的化疗药物有长春新碱、多柔比星等药物联合方案。不过化疗有一定的副作用，如骨髓抑制、消化道反应等，在使用时需要密切监测患者的身体状况。姑息化疗： 对于晚期已经发生远处转移等情况的患者，化疗可以作为姑息治疗手段，缓解肿瘤进展，延长患者生存期，但化疗的效果个体差异较大。