马拉色菌毛囊炎主要由马拉色菌感染引起，治疗药物有多种，一般可选用抗真菌药物。通常外用抗真菌药如酮康唑洗剂等有一定作用，而病情较重时可能需要口服抗真菌药，比如伊曲康唑等。
外用抗真菌药物
酮康唑洗剂： 它可以抑制马拉色菌的生长繁殖。使用时，将洗剂涂抹在患处，轻轻揉搓后冲洗掉，一般每周使用2 - 3次。不过，皮肤有破损的地方使用时要谨慎，可能会有刺激感。联苯苄唑乳膏： 属于外用抗真菌制剂，能通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌作用。每天早晚各涂抹一次在患处，连续使用几周，能帮助改善马拉色菌毛囊炎的症状，但对药物过敏的人不能用。
口服抗真菌药物
伊曲康唑： 是一种广谱抗真菌药，能干扰真菌细胞色素P450的活性，影响真菌细胞膜合成。不过，肝功能不全的人要慎用，因为它需要经过肝脏代谢，使用前最好先检查肝功能。一般疗程需要几周时间，具体要根据病情由医生决定。氟康唑： 也可用于马拉色菌毛囊炎的治疗，它能抑制真菌的甾醇合成。口服氟康唑时，同样要注意肝功能情况，孕妇和哺乳期女性要在医生评估后使用，因为可能会对胎儿或婴儿产生影响。
日常辅助注意事项
保持皮肤清洁干燥： 马拉色菌容易在潮湿的环境中繁殖，所以要经常洗澡，尤其是出汗后及时清洁皮肤，洗完澡后要擦干身体，保持皮肤干爽。比如每天洗澡1 - 2次，洗完后用干净的毛巾擦干。避免搔抓： 搔抓患处可能会导致皮肤破损，不仅容易加重感染，还可能引起炎症扩散。所以要尽量克制自己不去抓挠患处，如果觉得痒可以通过轻轻拍打等方式缓解。