涎腺囊肿治疗以手术切除为主，一般手术完整切除后复发率较低。比如小的黏液腺囊肿，手术操作相对简单，通常在局部麻醉下就能完成。
手术治疗方式
局部手术切除：对于较小的黏液腺囊肿，可采用囊肿摘除术。医生会在局部麻醉下，将囊肿及其周围部分正常腺体组织一并切除，这样能降低复发几率。一般术后恢复较快，伤口通常在1周左右愈合。袋形缝合术：对于不能耐受较大手术的患儿或病变范围较大的情况，可采用袋形缝合术。就是将囊肿切开，使囊液流出后，将囊壁与黏膜创缘缝合，让囊肿变成一个开放的口袋，待其自行愈合。不过这种方法复发的可能性相对高一些。
术后注意事项
伤口护理：术后要保持口腔清洁，饭后可用淡盐水漱口，防止伤口感染。一般术后1 - 2天要注意观察伤口有无渗血、红肿等情况，如果出现明显红肿热痛或渗血较多，要及时复诊。饮食注意：术后短期内要吃软食，避免食用过硬、过烫、辛辣刺激性食物，以免刺激伤口，影响愈合。比如术后1周内尽量吃米粥、面条、鸡蛋羹等柔软易消化的食物。
非手术治疗的局限性
穿刺抽液：可以通过穿刺的方法抽出囊液，但单纯穿刺抽液很快就会复发，因为没有去除产生囊肿的腺体组织，所以一般不单独作为治疗方法，多作为辅助缓解症状的手段。比如抽液后囊肿暂时变小，但很快又会恢复原来大小。激光治疗：激光治疗有一定的应用，但也存在复发风险，而且对于一些复杂情况的涎腺囊肿，效果不如手术切除确切。激光治疗后也需要注意口腔护理等，其远期疗效还有待进一步观察。