不明原因低烧可能由多种原因引起，比如感染性因素和非感染性因素等。一般来说，感染性因素中，病毒感染较为常见，像EB病毒感染可能会导致持续1~2周左右的低烧情况；非感染性因素里，自身免疫性疾病也可能引发不明原因低烧，比如类风湿关节炎。
感染性因素导致的不明原因低烧
病毒感染：
病毒感染是引起不明原因低烧较常见的原因。例如EB病毒感染，除了持续低烧外，还可能伴有乏力、咽痛、淋巴结肿大等表现。另外，巨细胞病毒感染也可能导致不明原因低烧，患者可能会有肝脾肿大等情况出现。
细菌感染：
一些细菌感染也会引起低烧。比如结核杆菌感染，除了低烧外，还可能有盗汗、咳嗽、咳痰等症状，而且结核感染引起的低烧往往持续时间较长，可能会达到数周甚至数月。还有布鲁氏菌感染，也会导致患者出现不明原因低烧，同时可能伴有关节疼痛等表现。
非感染性因素导致的不明原因低烧
自身免疫性疾病：
像系统性红斑狼疮，这是一种自身免疫性疾病，患者除了低烧外，还可能出现面部红斑、关节痛、口腔溃疡等症状。另外，类风湿关节炎也会引起不明原因低烧，同时伴有关节肿胀、疼痛、畸形等表现，病情严重时会影响关节功能。
内分泌代谢疾病：
甲状腺功能亢进也可能导致不明原因低烧。因为甲状腺功能亢进时，机体代谢率增高，产热增加，患者会出现低烧情况，还常伴有多汗、心慌、手抖、食欲亢进、体重减轻等症状。还有肾上腺皮质功能减退，也可能引起低烧，同时可能有乏力、低血压、皮肤色素沉着等表现。
恶性肿瘤：
某些恶性肿瘤也会出现不明原因低烧。比如白血病，除了低烧外，还可能有贫血、出血、肝脾及淋巴结肿大等表现。另外，肝癌、肾癌等实体肿瘤，在病情发展过程中也可能出现低烧情况，同时可能伴有消瘦、乏力等症状。