不明原因低烧可能由多种原因引起，比如感染性因素和非感染性因素等。一般来说，感染性因素中，病毒感染较为常见，像EB病毒感染可能导致持续1~2周的低烧情况；非感染性因素里，自身免疫性疾病也可能引发，比如类风湿关节炎患者约有30%会出现低烧现象。
感染性因素导致的低烧
病毒感染：
EB病毒感染： 除了引起低烧外，还可能伴有咽痛、淋巴结肿大等症状，这种感染具有一定传染性，主要通过唾液传播，在青少年群体中相对容易高发。巨细胞病毒感染： 可以导致长期的低烧情况，还可能影响肝脏功能，出现转氨酶升高等表现，免疫功能低下的人群更容易被感染。
细菌感染：
结核杆菌感染： 除了低烧外，还可能有盗汗、乏力、咳嗽等症状，尤其是肺结核，病程较长，有时候低烧会持续数周甚至数月，痰液检查找到结核杆菌是确诊的重要依据。布鲁氏菌感染： 多有接触牲畜等病史，会出现反复低烧，还可能有关节疼痛等表现，血液中可以检测到布鲁氏菌抗体。
非感染性因素导致的低烧
自身免疫性疾病：
类风湿关节炎： 除了低烧外，还会有关节的肿胀、疼痛，尤其以小关节受累为主，病情活动期时低烧更常见，通过自身抗体检测等可以辅助诊断。系统性红斑狼疮： 患者也可能出现低烧情况，同时还会有面部红斑、口腔溃疡、脱发等多种表现，自身抗体谱检查对诊断有重要意义。
内分泌代谢疾病：
甲状腺功能亢进： 由于甲状腺激素分泌过多，机体代谢加快，会出现低烧，还常伴有心慌、手抖、多汗、体重减轻等症状，甲状腺功能检查可发现甲状腺激素水平异常。肾上腺皮质功能减退： 患者也可能有低烧表现，同时会有乏力、食欲减退、血压降低等症状，通过肾上腺皮质功能相关检查可以明确诊断。