复方氯己定含漱液主要用于口腔疾病的辅助治疗，它能起到抗菌等作用。一般来说，它对口腔内的细菌等有一定的抑制效果。
抗菌消炎作用
抑制细菌生长：复方氯己定含漱液中的氯己定是一种阳离子表面活性剂，能吸附细菌的表面，改变细菌细胞膜的通透性，从而抑制细菌的生长繁殖。它对金黄色葡萄球菌、大肠杆菌等多种细菌有较好的抑制作用。减轻炎症反应：当口腔存在炎症时，比如牙龈炎患者，使用复方氯己定含漱液可以帮助减轻牙龈的红肿、出血等炎症症状。它能减少口腔内的炎性物质，使炎症得到一定程度的缓解。
预防口腔疾病
预防龋齿：在一定程度上，复方氯己定含漱液可以帮助减少口腔内致龋菌的数量。致龋菌是导致龋齿发生的重要因素之一，减少其数量有助于降低龋齿的发生风险。防止口腔感染：对于一些口腔手术后的患者，或者口腔容易发生感染的人群，使用复方氯己定含漱液可以起到预防口腔感染的作用。它能在口腔内形成一个相对清洁的环境，减少细菌感染的机会。
配合口腔治疗
辅助牙周治疗：在牙周炎患者的综合治疗中，复方氯己定含漱液可以作为辅助治疗手段。它能辅助清除牙周袋内的细菌等有害物质，配合洗牙、龈下刮治等牙周治疗措施，更好地控制牙周炎症，促进牙周组织的恢复。促进拔牙创口愈合：拔牙后的患者使用复方氯己定含漱液，有助于保持拔牙创口的清洁，减少创口感染的可能性，从而在一定程度上促进拔牙创口的愈合。一般在拔牙24小时后就可以开始使用，每次含漱1分钟左右，每天使用多次。