复方氯己定含漱液主要用于口腔疾病的辅助治疗。它能有效抑制口腔内的细菌，一般来说，在一些口腔手术后预防感染或者缓解口腔炎症时会用到。
抗菌作用方面
抑制革兰阳性菌：复方氯己定含漱液中的氯己定是一种阳离子表面活性剂，具有广谱抗菌作用，对金黄色葡萄球菌、白色念珠菌等革兰阳性菌有较好的抑制效果。它可以吸附在细菌表面，改变细菌细胞膜的通透性，从而阻碍细菌的代谢过程。抑制革兰阴性菌：同时，对大肠杆菌、变形杆菌等革兰阴性菌也有一定的抑制作用。能够减少口腔内致病微生物的数量，降低口腔感染的风险。
缓解口腔炎症方面
减轻牙龈炎症：当出现牙龈炎时，牙龈会有红肿、出血等症状。使用复方氯己定含漱液后，能帮助减轻牙龈的炎症反应。它可以减少牙龈沟内的细菌数量，缓解牙龈的充血、水肿情况，对于因口腔卫生不良导致的轻度牙龈炎症有一定的改善作用。缓解口腔溃疡引起的不适：在口腔溃疡发生时，含漱复方氯己定含漱液能起到一定的清洁口腔、抑制局部细菌的作用，在一定程度上有助于促进口腔溃疡创面的愈合，减轻疼痛等不适症状。
用于口腔手术前后护理方面
术前口腔准备：在进行口腔手术前，使用复方氯己定含漱液含漱，可以降低口腔内的细菌数量，减少手术过程中细菌感染的几率。一般建议术前1 - 2天开始使用，每天含漱数次。术后口腔护理：口腔手术后，口腔创面需要良好的护理环境。复方氯己定含漱液可以帮助清洁口腔，保持口腔清洁，抑制可能导致感染的细菌生长，有利于术后创口的恢复，通常在术后也可以按照医生的指导进行含漱。不过，使用复方氯己定含漱液时也需要注意，长期使用可能会使口腔黏膜表面染色，出现牙齿、舌苔染色的情况，一般停药后可逐渐消退。另外，对氯己定过敏者禁用该含漱液，儿童使用时需要在成人监护下进行，避免误吞等情况发生。