乳腺囊肿的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与内分泌紊乱、乳腺结构不良以及哺乳习惯等因素有关。比如，有研究发现约有10% - 25%的育龄女性可能会出现乳腺囊肿相关情况。
内分泌紊乱因素
激素水平失衡： 女性体内的雌激素和孕激素水平如果出现失衡情况，就可能引发乳腺囊肿。例如，在月经周期中，雌激素水平升高时刺激乳腺腺体增生，若此时孕激素调节跟不上，就容易导致乳腺导管扩张、分泌物潴留形成囊肿。女性在排卵期、孕期等特殊时期，激素波动较大，相对更易出现这种激素失衡情况。泌乳素异常： 泌乳素分泌异常也可能和乳腺囊肿有关。当泌乳素水平偏高时，会影响乳腺的正常生理功能，导致乳腺组织出现异常的液体分泌和潴留，进而形成囊肿。一些患有垂体疾病的女性，可能会伴随泌乳素异常，增加乳腺囊肿的发生风险。
乳腺结构不良因素
乳腺导管异常： 乳腺导管如果出现结构上的异常，比如导管上皮增生、导管扩张等，会影响导管内物质的正常排出。当分泌物在导管内积聚到一定程度，就容易形成囊肿。这种导管异常可能是先天性的结构差异，也可能是后天多种因素长期作用导致的。腺泡异常： 乳腺腺泡如果发生病变，比如腺泡分泌功能紊乱，产生的分泌物不能正常排出，也会使局部形成囊肿。例如，一些女性长期处于精神紧张状态，可能会影响腺泡的正常功能，增加乳腺囊肿的发病几率。
哺乳习惯因素
哺乳不畅： 如果女性在哺乳期间出现乳汁排出不畅的情况，比如乳腺导管堵塞，乳汁就会在乳腺内潴留，长时间潴留的乳汁可能会引发乳腺囊肿。有些女性可能因为乳头内陷等原因，导致哺乳时乳汁排出受阻，从而增加了乳腺囊肿的发生可能性。据统计，约有5% - 10%的哺乳期女性可能会因为哺乳不畅出现乳腺囊肿相关问题。断奶不当： 突然断奶也可能与乳腺囊肿的形成有关。突然断奶会使乳腺内的乳汁不能及时被吸收，乳腺组织受到刺激，进而容易形成囊肿。女性在断奶时应该逐渐减少哺乳次数，让乳腺有一个适应的过程，否则突然断奶可能增加患病风险。