免疫系统疾病有多种类型，常见的比如自身免疫性疾病，像类风湿关节炎，据统计，全球约有1% - 2%的人口受其影响，它主要攻击关节，导致关节肿胀、疼痛、畸形等。
自身免疫性疾病
类风湿关节炎：主要侵害关节，会让关节出现肿胀、疼痛，随着病情发展可能导致关节畸形。患者通常会有关节晨僵现象，持续时间往往超过30分钟。系统性红斑狼疮：这是一种累及多系统的自身免疫病，可影响皮肤、肾脏、血液等多个器官。患者面部可能出现典型的蝶形红斑，还可能有发热、乏力等全身症状。
免疫缺陷病
原发性免疫缺陷病：多与遗传有关，比如严重联合免疫缺陷病，患儿从婴儿期开始就容易反复发生严重感染，如肺炎、脑膜炎等，生存能力较差。继发性免疫缺陷病：常由其他因素引起，像艾滋病就是由人类免疫缺陷病毒（HIV）感染导致的继发性免疫缺陷病，HIV会攻击人体免疫系统中的CD4+T淋巴细胞，使人体免疫功能逐渐下降，进而引发各种机会性感染和肿瘤。
超敏反应性疾病
Ⅰ型超敏反应性疾病：常见的有过敏性鼻炎，接触过敏原（如花粉、尘螨等）后，会出现打喷嚏、流鼻涕、鼻塞等症状；还有支气管哮喘，接触过敏原等刺激因素时，会发生气道痉挛，出现喘息、气急、胸闷等症状。Ⅱ型超敏反应性疾病：比如自身免疫性溶血性贫血，机体产生的抗体攻击自身红细胞，导致红细胞破坏，出现贫血、黄疸等表现。Ⅲ型超敏反应性疾病：像类风湿关节炎的部分发病机制也涉及Ⅲ型超敏反应，另外血清病也是典型的Ⅲ型超敏反应性疾病，通常在注射异种血清后1 - 2周出现发热、皮疹、关节痛等症状。Ⅳ型超敏反应性疾病：例如接触性皮炎，皮肤接触某些物质后，如油漆、某些金属等，会出现局部红肿、瘙痒、皮疹等炎症反应，一般在接触后24 - 48小时出现症状。