慢性结肠炎的治疗药物需根据具体病情选择，一般常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素等。例如氨基水杨酸制剂中的美沙拉嗪，对于轻中度的慢性结肠炎有较好的疗效。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉嗪： 可作用于肠道炎症黏膜，抑制引起炎症的前列腺素合成和炎症介质白三烯的形成，从而减轻肠道炎症。适用于轻、中度的慢性结肠炎患者。一般来说，它能在一定程度上缓解腹泻、腹痛等症状，但具体效果因个体差异有所不同。柳氮磺吡啶： 是较为传统的氨基水杨酸制剂，它在肠道内分解为5-氨基水杨酸和磺胺吡啶，5-氨基水杨酸发挥抗炎作用。不过，部分患者服用后可能会出现恶心、呕吐等胃肠道不适反应。
糖皮质激素药物
泼尼松： 属于中效糖皮质激素，对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度及重度慢性结肠炎患者有较好的抗炎作用。它能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会带来一些副作用，比如导致骨质疏松、免疫力下降等问题，所以需要在医生的严格监控下使用。氢化可的松： 对于急性发作且病情较重的慢性结肠炎患者，可通过静脉给药等方式使用氢化可的松来快速控制炎症。但使用时要注意其可能引起的水钠潴留、血糖升高等不良反应。
免疫抑制剂类药物
硫唑嘌呤： 适用于对氨基水杨酸制剂疗效不佳或有激素依赖的慢性结肠炎患者。它通过抑制免疫反应来发挥作用，但起效相对较慢，一般需要数周甚至数月才能看到明显效果。同时，使用过程中要密切监测血常规等指标，因为它可能会引起白细胞减少等骨髓抑制的情况。巯嘌呤： 与硫唑嘌呤作用机制类似，也可用于慢性结肠炎的治疗。同样存在可能导致骨髓抑制等不良反应，用药期间需定期复查相关血液指标。