肛门湿疣主要由人乳头瘤病毒（HPV）感染引起，治疗方法多样。一般来说，可通过药物、物理治疗等方式处理，具体治疗方案需根据病情严重程度等因素决定。
药物治疗方式
外用药物： 常用的有鬼臼毒素酊，它能抑制湿疣组织的细胞分裂增殖，促使疣体坏死脱落。不过，使用时要注意保护周围正常皮肤。还有咪喹莫特乳膏，它可以调节局部免疫，刺激机体产生抗病毒蛋白，从而发挥清除疣体的作用，但起效相对较慢些。干扰素： 属于免疫调节剂，可通过干扰病毒DNA合成来抑制病毒复制，增强机体免疫功能。可以局部注射，不过可能会有局部红肿、疼痛等不良反应。
物理治疗手段
激光治疗： 利用高能量激光束烧灼疣体，使其碳化、坏死脱落。一般来说，较小的疣体可以一次清除，但如果疣体较大可能需要多次治疗。治疗时会有一定疼痛，术后要保持创面清洁干燥，防止感染。冷冻治疗： 采用低温液氮使疣体组织坏死脱落。适用于疣体较小的情况，可能需要重复治疗。治疗后局部会出现肿胀、水疱，然后结痂脱落，恢复期间要避免沾水。电灼治疗： 用高频电刀或电针烧灼疣体，达到去除疣体的目的。对于较大的疣体有一定效果，术后需注意预防感染，创面愈合前避免剧烈活动。
手术治疗情况
疣体切除术： 对于单个较大的疣体，可考虑手术切除。但手术切除后有复发的可能，而且术后要注意伤口护理，防止感染，促进伤口愈合。不过这种情况相对较少用，一般是在其他治疗效果不佳或疣体特别大时才会考虑。
治疗后的注意事项
定期复查： 肛门湿疣容易复发，所以治疗后要定期到医院复查，一般建议1~2周复查一次，观察是否有新的疣体长出，以便及时处理。避免性生活： 在治疗期间和疣体完全清除前要避免性生活，防止传染给性伴侣，同时也利于病情恢复。增强免疫力： 患者要注意休息，保证充足睡眠，加强营养，适当进行体育锻炼，以提高机体免疫力，有助于减少湿疣的复发。比如可以每天进行30分钟左右的有氧运动，像快走、慢跑等。