肝内胆管结石的治疗需根据具体情况而定，对于无症状的肝内胆管结石，一般定期复查即可，每6~12个月进行一次腹部B超检查。而有症状或并发症的肝内胆管结石则需要积极治疗。
手术治疗方式
胆管切开取石术：这是较为常用的手术方法，通过手术切开胆管，直接取出结石。适用于结石数量较少、胆管狭窄不严重的患者。肝部分切除术：如果结石所在的肝脏区域发生萎缩、纤维化，且病变较为局限，可能需要进行肝部分切除。例如，当某一叶的肝脏因结石反复感染、损伤严重时，切除病变肝叶可达到根治目的。
内镜治疗手段
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）：通过口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆管开口，插入导管至胆管内，利用造影剂显示胆管内结石情况，然后通过取石网篮等工具取出结石。适用于胆总管结石合并肝内胆管结石的部分患者，但对于肝内较深部位的结石可能效果有限。内镜下乳头括约肌切开术（EST）：在ERCP基础上，切开胆总管末端的括约肌，便于结石取出，但术后需注意出血、胰腺炎等并发症风险。
药物辅助治疗
抗感染药物：当肝内胆管结石引起胆管炎时，需要使用抗感染药物控制感染。常用的有头孢菌素类，如头孢曲松等，一般静脉给药，根据感染严重程度用药疗程通常为7~14天左右。熊去氧胆酸：可以溶解部分胆固醇结石，但对肝内胆管的胆色素结石效果不佳。一般需要长期服用，至少3~6个月观察疗效，但对于较大的结石通常难以靠药物溶解排出。
日常注意事项
饮食调整：要规律饮食，早餐必须吃，以促进胆汁分泌排出，减少胆汁淤积。同时要低脂肪饮食，避免食用油炸食品、肥肉等，每日脂肪摄入量控制在40克以内。多吃富含维生素的食物，如新鲜蔬菜（菠菜、西兰花等）和水果（橙子、苹果等）。定期复查：即使经过治疗，也需要定期复查腹部B超，观察结石有无复发、胆管有无狭窄等情况。一般建议每3~6个月复查一次，以便及时发现问题并处理。